由于空降旅携带了一部远距离电台，所以在得知空降旅与新四军军部已联系上之后，谢昌云便发了一封电报，让空降旅转交给项英、叶挺和新四军政治部主任袁国平。
袁国平在长征时先任三军团政治部主任，后来代理过一段时间一方面军政治部主任，那时正值一方面军刚翻过雪山、谢昌云卸任先遣队指挥员职务在总部无事可做，所以两个人之间虽然没有过多交往，但也不算陌生。
谢昌云在电报中告诉项英等，由于国民党方面的严密布置，目前新四军军部已无成建制突围出去的可能，为了保存基本力量和避免更多牺牲，下一步皖南的新四军人员可能会由第四战区接管，并移驻四战区的防区。如果国共双方最后确认了这一方案，他将收缴新四军的大部分武装，主要是为了防止转移途中再发生意外，待进入四战区辖区安顿之后，便可重新进行补充，并且不会打乱部队建制和干预部队管理，保证共产党所领导的部队这一基本性质不会改变。希望新四军领导把这当成是特殊情况下的一次移防，不要因交出了武器和暂时受到监管而产生误解，并协助四战区顺利完成移防任务。
在与谢昌云多次交道的过程中，项英知道谢昌云的性格是说到就会做到，做不到的绝不会空口许诺，所以对谢昌云电报中所说这些项英还是完全相信的。
而且到了这个时候，项英等新四军领导人也对谢昌云之前宣布冻结新四军经四战区的物资人员往来的举动有了一定的理解。
现在看来，谢昌云那样做一方面是对新四军可能会遇到国民党的极端行动进行提醒，一方面也是为这次公开救护行动埋下了伏笔。
可惜包括中央在内的各级领导人都错误的估计了形势，而没有领会谢昌云的意图。
在破例吸收了叶挺列席参加的新四军军分会和东南局会议上，项英宣读了中央和谢昌云的电报，并在众人意见趋于一致的基础上结论道：“大家分头下去做好部队的稳定工作，如果中央的决定与谢昌云电报的内容基本一致，我们就立刻集结部队向四战区转移。”
十一日中午，四战区的几十名医护人员、八十余辆卡车和救护车经昼夜兼程，于十一日中午赶到了茂林地区，与新四军医务人员一起开始了对伤员的进转运工作。
在重庆，从十日下午到十二日，周恩来连续几次面见蒋介石和何应钦等，同时还打电话给第三战区的顾祝同，并发动了重庆的一些知名人士出面，要求立刻解除对皖南新四军的包围、撤销对叶挺、项英和袁国平的通缉、允许新四军通过三战区防区继续向长江以北转移。
可是蒋介石等对中共的要求一概给予了拒绝，并反提出了军事委员会将宣布新四军为叛军、准备撤销新四军番号的处置办法，让中共予以承认。
眼见这次国民党态度坚决，在大的方面一步不让，周恩来只得暂时搁置其他问题，把交涉的重点转到了新四军的人员去向方面。
由于蒋介石与谢昌云事先有了约定，所以国共双方在这个方面立刻进入了实质性的谈判。
其实在对整个事件的处理上，毛泽东等中共领导人已经想通了并做出了决定。
毛泽东在给周恩来的电报中指出：“我党与国民党顽固势力的斗争，最根本的就是坚持我党的独立性，国民党可以作出决定，但我们也可以不承认这些决定。国民党要宣布新四军是叛军，我们就要宣布新四军是抗战的队伍；国民党要撤销新四军，我们就要以江北部队重新组建新四军军部，形成更有利发展的统一领导。谈判桌上不能获得的结果，并不代表在实际斗争中不能够得到。谈判时间拖得过久，对我们采取新的方针策略多有不利，所以你们的任务是在完成人员移交的谈判之后，尽快将工作重点转移到在国统区广泛揭露国民党破坏团结坑日、压制抗日力量发展的罪行上来，以为我党争取政治上的主动。
这封电报表明，中共已确定重新组建能坚决贯彻中央意图的新四军领导机构了。
从这一点来说，不管蒋介石还是谢昌云，其实都自觉或不自觉的为中共解决了一个几年悬而未决的大难题，使中共得以轻装上阵。
在这种情况下，周恩来与何欣怡的谈判很快有了最后结果，其所依据的蓝本都是谢昌云和蒋介石所划定的那些，其中明确了皖南新四军人员于一月十四日晚二十点由四战区正式接管，何应钦口头表示将不追究处叶挺和项英以外其他人的抗命责任。
十四日上午，项英等接到了中共中央的最新指示，要求新四军军部接受谢昌云的直接指挥，以第四战区皖南纵队的名义，于十五日凌晨起开始分批向四战区转移，不得有任何迟疑和延误。
而第四战区已于前一晚接到了军事委员会对皖南新四军予以监督放行的命令。
顾祝同由于已经达不到以武力消灭新四军的目的，又鉴于谢昌云允诺了三十万元的补偿，于是干脆就人情做到底，派出了五十台车辆，与四战区的一百余辆汽车一起协助新四军的转移，以便把新四军这个鸡肋尽快甩出三战区。
十九日下午，皖南新四军先头人员乘火车抵达樟树，最后一批一千余人则于二十日晚在江西鹰潭登上了列车。
历时六天多的转移行动，第四战区共从泾县茂林地区接应出新四军人员七千四百三十六名，另有二百余人在转移途中失踪，二十五人因伤势不治而死亡。
二十一日，国民政府军事委员会宣布新四军为叛军，并于即日起撤销新四军的番号，将新四军军长叶挺和副军长项英拘押候审，令原属新四军的所有人员一律原地听候编遣。
而共产党则于二十二日发表通电，揭露了国民党的反共阴谋，宣布不承认国民党的一切反共和破坏团结坑日的决定，并发布了重建新四军军部的命令，由陈毅任代理军长，刘少奇任政治委员。
第四战区发言人何欣怡也韶关召开了记者招待会，向中外记者介绍了第四战区制止皖南国共冲突的过程，并再次申明了第四战区坚决反对一切内战行为的决心。
在国共双方激烈的舆论大战中，谢昌云于二十二日下午五点在樟树面见了叶挺和项英等负责人。
两个小时前，项英已接到了中共中央关于免除他的中央军委新四军军分会书记、中共东南局书记职务的决定。但由于项英仍是中共政治局委员，而且在新四军的影响力很大，所以谢昌云还是把他请来了。
谢昌云对叶挺和项英等道：“鉴于目前局势的复杂，叶军长和项副军长转移至另外的地方滞留，对新四军和东南局的高级干部，我们将按照中共中央的通知，将你们尽快送往延安或苏北地区。对其他人员，如有自愿离开的，在四战区内可予以通行，但四战区之外我们无法保证其安全。所以我的意见是既然来了，就在这里安心学习训练一段时间，我们会在条件允许的情况下将他们逐步交还给中共方面。留下来的带队人员由你们自己决定，由四战区暂时给予任命，电台也可与外界继续保持联系，四战区除了协助军事方面的学习和训练之外，对其他事务一律不进行干涉。对以上方案，各位如果有不同意见和不清楚之处，可向中共中央反映或由我进一步解释。”
项英此刻又回想起了当年在油山与谢昌云谈判时的情景，不由感叹两者间竟有及其相似之处，于是便道：“我虽然在新四军问题上已经没有了表态的权力，但是我还想提问一下，我们留下的部队的党的组织任然可以继续保留吗？”
谢昌云笑道：“项英同志，你们在三战区都可以做的事，在四战区当然就更不成问题了。只不过你们的附属机构和人员太多，这方面需要重新整顿一下。你们这含伤员在内的七千多人，最好是编成一个支队辖几个步兵团和一个辅助团的编制，以便能够有针对性的进行管理和训练。我可以给你们三天的时间对人员进行重新安排，然后再离开部队。对了，如果除高级干部之外还有需要带走的特殊人员，你们也可以提出一个名单，总人数就限定在一百一百人以内吧！现在我也不便多放人，等过了这个风声之后，可以将你们编制以外的营级以上干部全部送回去。”
谢昌云话音刚落，袁国平就接着道：“谢参谋长，我们政治部系统有大量的宣传和文艺人员，其中女同志很多，如果按你提出的整编方案，这些人很难编入部队中去，最好能另有一个稳妥的办法进行安置。”
对袁国平用红军时的职务称呼自己，谢昌云不但不介意，反而倒有一种亲切感，于是便对袁国平道：“袁主任，您是老首长了，对您提出的问题我当然要尽力考虑。不知这方面的人有多少？”
袁国平道：“有六百多人，其中有近三百女同志。”
“这么多？”谢昌云不由失口叫了出来。
“谢参谋长，司令部和供给部管辖的勤杂人员也不少，要超过一千三百人，里面许多是年龄偏大和体弱人员，还有不少是中高级干部的亲属，长期在你这里安置也是个问题。”
说话的是新四军副参谋长周子昆，原是红五军团副参谋长，过金沙江时负责五军团部队的调度，与渡江司令部参谋长谢昌云打了一天多的交道。
在这里都能碰到长征时的两个熟人，可见谢昌云与红军的渊源之深。
谢昌云想了一想道：“袁主任、周副参谋长，我对新四军人员的安排原则是不让其脱离共产党组织的领导，以避免这些同志今后受到各种审查，同时更想为共产党训练出一支具有很强战斗力的骨干部队。可是现在你们人员的结构情况超出了我的预想，看来对这些人员，我们只能是依照自愿的原则遣散一部分、整编一部分，剩下不愿走又不能编入部队的，只能是在四战区范围内给予安置，但一是要能够自食其力，二是不能有共产党员在其中。如果你们不同意这样做，那我就费些事，过几天就派车派人把他们送到陕北去，不过这要事先获得延安的允许。才行。”
“这整个就是一个根据地机构的大搬家呀！”
刚才还对自己拿出的方案沾沾自喜的谢昌云，现在不由对花费了如此大的力气，竟然救出了一大堆的妇弱老病而感到了懊丧。
谢昌云还不知道，新四军的政治和后勤人员已经在十二月份先期转移到了江北一千多人，否则他更承受不了了。
为此谢昌云在樟树又停留了两天，直到确定了最后的方案才返回了赣州。
在赣州谢昌云还要处理一件事。因为国民党已经宣布了撤销新四军番号，所以新四军在国统区的所有机构都不能存在了，谢昌云必须安抚一下姐姐谢昌敏才行。
在谢昌云的争取之下，新四军赣州办事处最终被允许改为了八路军办事处，但其他的新四军机构都免不了被取缔的结果。
这也算是蒋介石对谢昌云给予的一点特别照顾吧！