1913年4月8日中华民国第一届正式国会成立，便从参众两院各选30人为宪法起草委员，由于这些人是在北京天坛祈年殿商议的宪法草案，因此又被称之为天坛宪法草案。
虽然因为宋教仁的被暗杀，使得国民党组阁的梦想成为了泡影，但是国会内还是国民党占据了主流，因此宪法在商讨的时候，依然采取了限制总统权力的思想，把国会凌驾于行政权之上。
10月14日，袁世凯见到了宪法草案后勃然大怒，认为国民党简直是不讲规矩，在军事上失败之后居然还想在政治上夺回自己的胜利果实，实在是把北洋的实力完全不放在眼中。至此，开除国民党解散国会的念头在他心里已经不可抑制。
此时黎元洪已经当选为副总统，因此袁世凯令段祺瑞邀请黎副总统入京议事。段祺瑞强行把黎元洪劝入京城之后，便接到北京来电任命其为代理湖北都督，要求其整顿湖北的军政。
黎元洪抵达京城之后就失去了人身自由，被袁世凯安置于瀛台之内，相当于半软禁的处境。这使得黎元洪对于袁世凯越发毕恭毕敬，不敢稍有违背大总统的意思，两人相见时黎元洪犹如“一极可敬之少年见一极尊严之长辈”。
于此同时，袁世凯也下令冯国璋进入南京整顿军纪，并找人劝说张勋主动辞去江苏都督的职位。面对革命委员会的通电问责，张勋虽然私下破口大骂不止，但却不敢回电反击。
张勋很清楚，他之所以敢如此行事，就是出于对袁世凯背叛清廷的不满，认为袁世凯有负国恩，而北洋集团上下虽然支持袁世凯却并不否认这种看法。因此袁世凯如果敢对他下手，北洋内部也没什么人愿意和他死磕，毕竟他占着大义的名分。满清虽然对不起汉人，可没有对不起北洋。
但是对上革命委员会他却没有这种心理优势了，虽然他天天在自己的军中宣传大清的恩德，表示自己还是要效忠宣统皇帝的，但他并不是真的要誓死效忠于宣统皇帝，否则此前同民军作战时他就该战死，而不是向北京发电要求朝廷同南方议和了。
革命委员会在东北击败了冯国璋率领的军队，又击败了日本人，张勋当然知道自己不是革命委员会的对手。更何况，此次山东的国民革命军以如此优势击败第五师，也让张勋的部下们胆寒不已。
让这些辫子军去祸害没什么战斗力的民军，并准许他们在战后劫掠平民，这些辫子军是胆气十足的。但是让他们去同一只能够同列强的军队对战的强军去打，战后还要被清算家属，那么他们估计造张勋反的机会更大一些。
原本在攻入南京时因为军纪败坏就已经导致各国不满，特别是张勋的部队还误杀了三名日本侨民，使得一向支持清室的日本人对于张勋也是大为不满，在这种强大的外交压力下，袁世凯已经有意替换张勋的江苏都督位置了。
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现在再加上革命委员会的通牒，袁世凯就更是向张勋摊牌了，要么张勋带兵去山东剿灭革命委员会，则事后可以担任山东都督，要么就是顺从内外意思，先交出江苏都督的位置，过一段时间他再给张勋安排一个位置。
张勋自然不会去选择前一个选项，不过他也不肯接受过一段时间给自己安排，而是要袁世凯现在就给他一个去处，否则即便是他愿意交出江苏都督的位置，但手下这些人还是要在江苏继续待下去的。
袁世凯不得不给出了一个长江巡阅使的头衔，并允诺每月给拨款项，张勋才心有不甘的点头认同。
在南方事务安排妥当之后，10月25日袁世凯突然向国民党发难，袁通电各省都督、民政长，攻击宪法起草委员会由国民党议员操纵把持，‘形成国会专制’。
北洋集团在各省的支持者随即一一通电表态，认为国民党“肆毒宪法”，指责天坛宪法草案为“暴民专制之宪法”。不过袁世凯的恐吓并没有让国民党议员们屈服，宪法草案还是在10月25日进行了三读。
眼看着天坛宪法草案要正式通过成为正式的宪法，袁世凯于11月4日悍然下令解散了国民党，从而使得国会因为法定人数不足而自行闭会，宪法起草委员会不得不和国会一起，于11月10日自行解散。
虽然袁世凯一度担忧自己的行为会招致革命委员会的不满，因此还特意发电向吴川说明了自己解散国民党的苦衷和迫不得已。让他有些意外的是，吴川的回电对于他解散国民党的行为并无过多指责，而只是提醒他共和之总统并非前朝之皇帝，请他不要逾越了总统的职权。
革命委员会的温和提醒，让袁世凯误以为吴川所率领的共和党和孙、黄率领的国民党也颇有积怨，所以吴川对于国民党的支持也仅限于人身保护而已。试探出这个结果之后，袁世凯倒是放开了不少手脚，开始进一步集中自己在北洋团体中的权力，预备埋头几年再和革命委员会见分晓。
袁世凯之所以要对北洋集权，实在是在这次镇压南方各省民军的过程中，北洋暴露出了过多的弊病。虽然他极力在外人面前维护北洋团体，但是张勋和冯国璋率领的部队在南京的所作所为也是让他在各国公使面前丢了极大的面子。
就连日本的军事顾问也在他面前直言不讳的说道：“如果大总统不能整顿北洋军纪的话，不要说南方各省民众不会真心臣服于北洋，日后和革命委员会交战时，大总统手中恐怕也要无兵可用了。”
袁世凯也知道，日本人说这话是三分带气，四分是真看不起北洋军，还有三分则是对于国民革命军的忌惮。不过他还是被日本人的话语激起了想要整顿北洋的念头，在国民革命军这个唯一大敌在侧虎视眈眈之时，他已经不能再容忍北洋军继续腐化下去了。
更何况，从他接手临时大总统开始，北洋集团就有一种天下是北洋的了的心理，因此在军政官员的任免上，处处都以是否出身北洋作为评判的标准。这对于袁世凯来说是不可接受的，因为他想要当的是中华民国的总统而不是北洋的总统。
且作为一个政治人物，他很清楚北洋的军政力量虽强，但是当今中国并不止北洋一家之势力，即便不提关外的革命委员会，光是南方各省的地方势力也只是在名义上服从中央而已，一旦北洋暴露出独占中枢的意图，南方各省肯定是要爆发大规模的叛乱的。
此次北军南下所暴露出来的败坏军纪，也决定了南北之间的地域偏见有多大，北军进入江苏之后就好像是进入了外国一样，肆无忌惮的劫掠杀戮平民，使得中央政府在战前获得的舆论同情，在南京一战后尽皆化为乌有。
这也是为什么，孙中山号召各省发起二次革命时几乎没有人响应。但是南京之战后，山东革命委员会突然向北京发难，南方各省却突然出现了许多抗击北军的地方武装。倒不是革命委员会的号召力大过了孙中山、黄兴的国民党，而是南方各省民众确实受不了北军恶劣的军纪，因此看到有人带头后，就忍不住响应了革命委员会的号召。
而在山东革命委员会发难后，北洋诸军调动不灵的局面，也让袁世凯开始意识到北洋团体内已经盘根错节，形成了一个个小团体，这些小团体首先维护的是自己的利益，其次是北洋大团体的利益，最后才是服从于他这个北洋领袖。
面对这样的内外局面，袁世凯也只能彻底放弃了撕毁和革命委员会达成的协议，趁着对南方的胜利之际，对革命委员会展开决战。他只能先把精力放在梳理内政上，不仅要梳理北洋团体内部的关系，更要梳理解散了国民党之后如何安抚那些非北洋势力的关系上。
对于北洋团体，袁世凯以为暮气已深，需要对北洋团体进行重建，淘汰那些只知道争权夺利而又不能打仗的军事人员，因此他试图用蔡锷这个外系将领来担任重组北洋的任务。蔡锷虽然不是北洋一系，但是他的老师梁启超却是袁世凯的政治盟友，二次革命中更是坚定的站在了袁世凯这边，因此被袁世凯视为了半个自己人。
而对于各地的非北洋势力，袁世凯则以为应当排斥持有共和思想的人员，从辛亥革命爆发到二次革命，袁世凯终于弄清楚了一件事，只要谈论共和就不能不附和国民党的主张，附和国民党的主张就等于是承认孙文、黄兴才是共和的缔造者，这样一来他就天然矮了孙文、黄兴一头。
且共和主义在今日的中国，天然就是反对政府的一面旗帜，只要政府管一管事，地方上的无赖文人就破口大骂政府破坏共和，欲行专制之政。袁世凯又不能去学吴川，高喊共和即是人民对于反动势力的专政，那么北洋这个团体就要先散伙了。
袁世凯也只能硬着头皮，继续往尊崇孔子思想，以纲常礼教正人心护道德，以进大同世界的道路上前行了。