忙着发行粮票和铸新钱谋利积蓄实力时，周士相相继委任了六官。年前未东征前，大学士郭之奇带来的圣旨除了封他为兴平伯外，就是给了任六官的权力。
六官即为吏、礼、刑、户、兵、工六官，负有察言、承宣、审理等职，以方便施政。除了给任六官的权力，圣旨上还允许周士相委任官职，武官可达二品，文官却只能达六部主事级别，而主事一般是六品官。显然，永历这道圣旨对于文官的任免还是卡得极严，从中也能反应出永历朝廷上下还是有着旧思维，即“文贵武贱”。
在此之前，只有金厦的延平郡王郑成功于永历九年（伪清顺治十二年）被特准设置六官。如此不能看出，永历允设六官的前提是该藩（员）与朝廷联络中断，或相隔遥远，为便施政，这才特旨放权。
因吴六奇突然进犯惠州，周士相不得不提前东征，以致六官一直未设。潮惠大捷后，周命徐应元为报捷使往昆明报捷，考虑徐应元并没有正式官职，便命他为工部官，按圣旨所给权力，定的是六品。回到广州后，补充六官的事情宋襄公提了多次，周士相便拟了人选任了下去。
吏官委的是从前李率泰的幕僚桂永智，礼官则是致仕在家的原崇祯朝礼部主事郭天叙，刑官则是原绍武政权的广东按察使司副使丁之相，户官是玄武山一战断臂的营校蒋孝铭，兵官则是在陆丰献策劝降的惠州生员董常清，如此加上工官徐应元，六官便全部到任。
六官之设非于布政司衙门，而是兴平伯属，也就是说，六官其实是周士相的私官，只不过永历朝廷承认他们的官职和品级。他们的职责也仅仅是协助兴平伯处理政务，不得干涉地方衙门办公，这变相约束了藩（镇）权力，好为朝廷日后接管藩（镇）地盘伏笔。
只不过广东这个布政使司衙门其实是周士相一手建立并操控，连同各府县官员都是他周士相一手任命，所以兴平伯属的六官在周士相不同意的情况下是没法子插手具体政务的。
六官之设和布政司衙门、府、县、乡、村及军帅府军部、民部职能有很多重叠的地方，属可有可无的官。但设六官是永历朝廷给周士相的权力，是种象征，所以他又不能不设。为了使六官能够正常运作，不与布政使司及军帅府重叠冲突，导致不作为或拖后腿，周士相重新理了下广东政务。
布政使司作为广东最高政务衙门，地位不容动摇，布政使宋襄公同时为军帅府民部官，负责太平军实际控制区域的一切民政事务。而与民政有关的户官、工官、刑官、吏官四官则列于布政司衙门内，各官向宋襄公负责，具体承接布政使司衙门原关各官事务。这便等于将布政使司衙门的事务具体细分了下，类似后世省政府下辖交通、公安、民政等厅，而这些厅的厅官就是六官。
做为布政使司的最高官员，宋襄公直接向周士相负责，如此便不致外有布政使司，内有六官这两个相互重叠的机构出现。太平军地盘就那么大点，人口也就一百多万，周士相还无意将这个六官作为将来的六部培养，当下，扩兵简政才是最合乎的手段。
军部作为太平军的总参谋部，不涉民政事，和军事有关的兵官则归军部提领，负责军中将校任免，功绩查叙、军械军饷、粮草辎重重。六官的礼官做为一个和军政、民政都不怎么相干的官职，周士相暂时没想到如何安排那位前崇祯朝礼部主事郭老大人，便叫他先挂个名，领份俸禄，有关礼仪事便找来问问，无事便由他去。
张安、宋英所建的军情司也在秘密扩大，既不由军帅府的民部管，也不由军部管，而是周士相自己直管。
周士相允张安打造情报网的同时，可暗中从军中、民间挑选招募人手加以训练，组建军情司的行动队伍，该力量性质类似锦衣卫，是周士相手中除铁人卫外另一支可随时调动的秘密力量，人员大概在400人左右。
六官委任后，周士相下令各府县除大力屯垦外，还要大力加强养殖业，多养牲畜，如猪、羊、鸡鸭等。此事由民部的农垦、渔牧二司大力进行，各府县务必重视并加大投入。民部定期派员考核，地方官员表现优秀者当予以嘉奖并提拔。
甘蔗也是农业发展的重点之一，将甘蔗提炼出砂糖，再作为商品贩卖给澳门的西洋人，利润也很高。周士相叫香山县选一两乡着手进行规模种植，对种植户先行给予补贴。此外，广东百姓只会用煎熬海水来制造食盐，因此盐的品质很差。周士相为了改良制程而引进淋卤晒盐法，命先在盐田附近挖水沟，使海水淋到沙土上形成盐土，再将从盐土提炼出的盐卤，拿去结晶池经过日晒得到一颗颗的盐粒，以此提升盐的品质。
盐铁一直是封建王朝专营，周士相也不例外，命布政使司下设盐巡司，专门负责盐场及查缉私盐任务。
周士相又纳宋襄公议，于广州设立广东大学堂，为全广东最高学府，各府、州、县设立府学、州学、县学，还要求各乡、村也设小学，方便子弟入学受教育。为了减轻入学儿童家长负担，鼓励他们送子入学，周士相特地规定，凡是子女入学者，其家可免田赋四成。
宋襄公又以布政使司名义规定治下各府县儿童必须七岁入小学，课以布政使司编录课本。三年两试，照科、岁例开试童子。州（县）试有名送府，府试有名送省，省试取中，准入广东大学堂，学制三年，学成再入兵备讲习所一年，仍按月月课。三年取中试者，文补六官、布政使司、各府县内都事，武补队正、卫尉、安军中使，擢用升转。
此策即是科举制，只不过将科举八股取士稍作更改，命学子习由布政司编定，军帅府审定课本，内中多是经世治民务实之识，八股文章仅占两成。广东大学堂和兵备讲习所作为太平军的文、武最高学校，不仅承担学子教习任务，为太平军输送军政人才，更是给予全广东士子读书人的一条出仕之路。